The following is a list of the 423 communes of the Yonne department of France.

The communes cooperate in the following intercommunalities (as of 2020):^[1]

• Communauté d'agglomération de l'Auxerrois
• Communauté d'agglomération du Grand Sénonais
• Communauté de communes de l'Agglomération Migennoise
• Communauté de communes de l'Aillantais
• Communauté de communes Avallon - Vézelay - Morvan
• Communauté de communes Chablis Villages et Terroirs
• Communauté de communes de la Cléry, du Betz et de l'Ouanne (partly)
• Communauté de communes du Gâtinais en Bourgogne
• Communauté de communes Haut Nivernais-Val d'Yonne (partly)
• Communauté de communes du Jovinien
• Communauté de communes de Puisaye-Forterre (partly)
• Communauté de communes du Serein
• Communauté de communes Serein et Armance
• Communauté de communes Le Tonnerrois en Bourgogne
• Communauté de communes de la Vanne et du Pays d'Othe
• Communauté de communes Yonne Nord